При создании занятий по шаблону в классах, где ученики с ОВЗ объединены в группы из двух классов, в сетке не отражаются совместные индивидуальные уроки. Следовательно на них не создастся журнал. Вручную каждую неделю добавлять эти занятия нереально.
Уже нашла причину, занятия нужно создавать сразу для всей параллели, а не отдельно по классам. Тогда всё создается правильно для совместных групповых занятий.